La Agencia dispone de personal técnico muy especializado, distribuido por todas las provincias litorales de Andalucía y coordinado de forma regional, dedicado a la ejecución de las actividades de conservación y desarrollo sostenible del litoral y los fondos marinos. Estos trabajos se realizan en el marco del Programa de Gestión Sostenible de Recursos para la Conservación del Medio Marino Andaluz, que impulsa y desarrolla la Consejería competente en materia de medio ambiente.
Entre las actuaciones que se ejecutan se encuentra la atención de emergencias frente a varamientos de mamíferos y tortugas marinas, así como la atención de las actuaciones del Centro de Gestión del Medio Marino (CEGMA) del Estrecho, ubicado en Algeciras (Cádiz).
Las acciones de conservación del medio marino también abarcan las especies de invertebrados presentes en el Catálogo Andaluz de Especies Amenazadas. En concreto, en Andalucía están presentes invertebrados marinos que precisan protección, aunque las actuaciones también se extienden a especies de fanerógamas incluidas en el Listado de Especies en Régimen Especial.
Durante los últimos años el equipo de la Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía, M.P. ha llevado a cabo una gran diversidad de trabajos, algunos de ellos en el marco de proyectos europeos entre los que destacan Life Posidonia Andalucía, Life Blue Natura y Life IP Intemares.
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